1、范围不同

起诉涉及刑事自诉案件、民事起诉案件、行政起诉案件，类型广泛。公诉仅指刑事公诉案件，是指由各级检察机关依照法律相关规定，代表国家追究被告人的刑事责任而提起诉讼的案件。

2、案件来源不同

公诉：案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的。

起诉：案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。

3、刑罚处罚的轻重不同

起诉：刑罚处罚一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制。

公诉：刑罚处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑直至死刑。

法律依据：

1、《刑事诉讼法》第一百一十四条

对于自诉案件，被害人有权向人民法院直接起诉。被害人死亡或者丧失行为能力的，被害人的法定代理人、近亲属有权向人民法院起诉。人民法院应当依法受理。

2、《刑事诉讼法》第一百六十九条 

凡需要提起公诉的案件，一律由人民检察院审查决定。